今天小圆跟大家分享怎么看KEGG代谢通路图，还在迷糊中的小伙伴mark起来吧~
今天教大家怎么看代谢通路图，比如上面这个图，方框一般就是酶，方框里面的5.4.2.2不是IP，而是EC编号；小圆圈代表代谢物，你点上去，（别放手机上面，放电脑上去……）会出现C00668的东西，C代表compound，00668是这种化合物在KEGG中的编号，一般在KEGG中数据条目都是这样的，前面一个标志，后面一个五位数编号；大的圆方块，就表示是另一个代谢图了，所以就不展开了。
但是：为什么这个图上有的小框框是绿色呢？（这是绿色吧？我蓝绿不分的，下同）
因为这是一张特定物种（S. cere. 酿酒酵母）的代谢图，绿色的框框表示专属于这个物种。
在KEGG中有两种代谢图
①一种是参考代谢通路图reference pathway，是根据已有的知识绘制的概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图，这种图上就不会有绿色的小框，而都是无色的，所有的框都可以点击查看更详细的信息；
②一种就是像上面这样的属于特定物种的代谢图species-specific pathway，会用绿色来标出这个物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框点击以后才会给出更详细的信息。
这两种图很好区分，reference pathway 在KEGG中的名字是以map开头的，比如map00010，就是糖酵解途径的参考图；而特定物种的代谢通路图开头三个字符不是map而是种属英文单词的缩写（应该就是一个属的首字母+2个种的首字母）比如酵母的糖酵解通路图，就是sce00010，大肠杆菌的糖酵解通路图就应该是eco00010吧。
那么：怎么找这两种图呢？
有下拉列表的时候，在列表选择reference 或者是特定物种即可。
在pathway检索的页面http://www.genome.jp/kegg/pathway.html，如下图：
默认的就是map，参考图，你想要什么物中的代谢图写上它的名称就好了（种属缩写），如果不知道是哪3个字母，点击organism 选择即可。不过你点进去也是一片空白，需要你提示两个字母才会给出下拉条目。（本文转自PLOB）
怎么样，试试看吧~返回搜狐，查看更多